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Entweder das Programm dos2unix verwenden oder einfach die Sache mit sed erledigen:
sed ""s/^M//"" dosfile > unixfile
Das ^M wird dabei durch Halten der Ctrl-Taste, auf urdeutschen Tastaturen Strg, und drücken der Tasten V und M (nacheinander, während Ctrl schön fest gehalten wird!) erzeugt.